1743年
最近的一次圣战结束。据《大圣战史》记载，当时的圣斗士据说是史上最多的79名，但圣战结束时却仅有天秤座黄金圣斗士童虎和白羊座的黄金圣斗士史昂存活下来。为了准备迎接下一次圣战，他们接受了雅典娜的使命：史昂以教皇的身份留守圣域，而童虎则凭借雅典娜赐予的假死法（Misopetha-Menos）坐在中国庐山五老峰的大瀑布下监视封着一百零八个魔星的塔。

1973年 智慧女神雅典娜再次降生在希腊圣域，这是邪恶在大地上蔓延的先兆，封锁着邪恶势力的雅典娜的封印不久就会解除，新的圣战就要迫近了。

凭着天才般的能力而获得资格的黄金圣斗士们已经聚集在圣域，然而大部分还比较年幼。教皇史昂召见黄金圣斗士中年纪最长，也是能力最强、地位最高的射手座艾俄罗斯和双子座撒加。宣布，仁志勇兼备的射手座艾俄罗斯成为教皇的继承人，并嘱托撒加真诚与艾俄罗斯合作为圣域效力。

撒加的孪生弟弟加隆唆使撒加杀掉刚刚降生的雅典娜女神和教皇史昂，占有整个大地。愤怒的撒加将加隆囚禁在斯力奥海岬下面的水牢里。加隆在潮涨潮落中，几次与死亡擦肩而过。一次他突然在水牢深处发现一线光明，找到了雅典娜封印海皇波赛冬三叉戟的地方。加隆解开封印拔出三叉戟，进入了海底神殿。并令海皇觉醒。海皇制定朱里安·索罗为他十三年后的替身之后，再度长眠。加隆开始以海龙将军的身份召集海斗士和海将军。

与此同时，海因斯城堡的潘多拉无意中打开了雅典娜的封印，沉睡了几百年的死神（Death）达拿都斯（Thanatos）和睡神（Sleep）休普诺斯（Hypnos）觉醒，预言了冥王哈迪斯将在海因斯城堡复生并成为潘多拉的弟弟。不久，哈迪斯的灵魂以潘多拉弟弟的身份降生在海因斯城堡，海因斯城堡内一切的生物都无故的死亡了。潘多拉开始召集冥斗士。

撒加人性恶的一面开始占领他的心灵，撒加某夜爬上占星山杀死了前任教皇。正当他要举剑刺杀雅典娜时，被赶来的艾俄罗斯阻止。艾俄罗斯带着雅典娜出逃。撒加冒充教皇，宣布了艾俄罗斯反叛，因企图杀死雅典娜而畏罪出逃，并派修罗追杀艾俄罗斯。艾俄罗斯带着致命伤逃到北欧，将雅典娜和射手座黄金圣衣托付给正在 北欧旅游的全球首富、曰本城户财团的城户光政。

城户光政将雅典娜收养，并改名为城户纱织。从这时起，他决定培养新的少年圣斗士，保护雅典娜，并将自己分散在世界各地的100个私生子集中在曰本，进行特训。这些孩子除了冰河外，并不知道自己就是城户光政的儿子，都以为自己是孤儿。

1986年10月03日 少年们与暗黑四天王约定的决斗在富士山开始。贵鬼带回修好的圣衣，紫龙被穆先生用念力送到富士山。暗黑四天王战死。一辉觉醒。星矢得知所有接受圣斗士选拔的孩子都是城户光政的私生子，他们都是同父异母的兄弟。战斗引起了富士山的活动，穆先生把除了一辉以外的四名青铜圣斗士和暗黑四天王的遗体带到东京海滨。夜里，白银圣斗士出现。

1986年10月04日 星矢的假死被蜥蜴座美斯迪识破，星矢的师傅天鹰座魔铃佯装杀死星矢，再度被美斯迪识破。两人展开战斗，星矢打败了美斯迪。随后冰河打败半人马座巴比，星矢战胜白鲸座摩西斯。魔铃杀死猎犬座亚狄里安。晚上，乌鸦座撒密安的乌鸦群出现在竞技场，绑架了城户纱织。星矢追逐至山崖，在撒密安和蛇夫座莎尔娜的围攻下，抱着纱织跳下悬崖。

1986年10月05日 英仙座亚鲁哥路、御夫座加比拉和地狱犬座达狄出现，一辉及时赶到，缓解了危机。一辉打败撒密安和加比拉。瞬战胜达狄。紫龙刺瞎自己的双眼，打败了拥有美杜莎之盾的亚鲁哥路。教皇召见狮子座艾欧里亚和天蝎座米罗。教皇派遣艾欧里亚去曰本。米罗开始对教皇产生怀疑。

1986年xx月xx日 冰河返回东西伯利亚，紫龙带着春丽回中国。夜里艾欧里亚出现在曰本，准备消灭被圣域视为叛逆的星矢等人。在星矢与艾欧里亚的战斗中，莎尔娜为保护星矢而受伤。突然出现的监视艾欧里亚的巨犬座史里乌、银蝇座狄奥和武仙座亚路杰狄被星矢消灭。星矢第一次穿上射手座黄金圣衣。城户纱织出现，艾欧里亚承认了她的女神身份。

教皇宫 星矢看到善良的教皇，他命星矢到雅典娜神殿拿取神盾去救雅典娜。但是教皇突然变成邪恶的化身，并穿上了双子座黄金圣衣，原来他就是十三年前失踪的撒加。这时复活过来的一辉牵制着撒加，星矢终能拿到神盾救回雅典娜。女神得到剩下的黄金圣斗士迎接，赶去教庭，途中救回濒死的紫龙、冰河及瞬。撒加被星矢集合众人力量的一拳回复善良，撒加在雅典娜面前自杀赎罪。

城户纱织是雅典娜女神的身份得到整个圣域的承认。在战斗中身负重伤的星矢、紫龙、冰河、瞬被送往城户财团的疗养院治疗。一辉回到死亡皇后岛。

1987年04月03日 大雨一直下了十天。狄蒂丝带领海斗士来劫持城户纱织，被突然醒来的星矢赶跑。夜里海魔女苏兰特来到城户财团疗养院袭击昏迷中的星矢等人，遭到阿洛迪巴的阻止。阿鲁迪巴被苏兰特打败，却用巨大的小宇宙保护了星矢等人。城户纱织赶到，苏兰特畏惧雅典娜的强大意志，带她来到海底神殿。为了挽救全世界，雅典娜答应波赛冬，愿意在生命之柱中独自承受降临在全世界的雨水。

1987年04月04日 狄蒂丝来到庐山五老峰向圣斗士宣战。星矢、紫龙、冰河、瞬穿上用黄金之血修补的新生圣衣出战，来到海底神殿。这就是海底神殿之战。

沙织从生命支柱中取出雅典娜的宝壶，把波士顿的灵魂重新封禁在宝壶中。当年，就是加隆为了达到自己的野心而打开了雅典娜宝瓶的封印，把波士顿的灵魂放了出来。一度成为海皇的朱里安又回到人间，恢复为普通人。而对他一往情深的海魔女苏兰特则变成吹笛手索伦多，美人鱼把朱里安送到地面之后神秘失踪。朱里安捐出家中所有的财产用以救济世界各国遭受水灾的难民，之后带着苏兰特周游世界。

1987年xx月xx日 前任教皇史昂为了使雅典娜的圣衣复活并交给女神，带领复活的黄金圣士开始攻打十二宫。最著名的冥王十二宫战斗开始。

撒加等三个黄金圣斗士把雅典娜的遗体送往哈迪斯城，当潘多拉女王揭开白布准备查验时，却发现雅典娜不见了。潘多拉知道雅典娜已经趁机潜入冥王界，立即下令全部冥斗士撤离地面上的额哈迪斯城，返回冥王界，并把城堡摧毁。这时，星矢、紫龙、冰河和瞬正带着雅典娜的圣衣向冥王界进发，在天平星座童虎的指点下，星矢和瞬首先发挥出第八灵感，以活着的身躯冲进冥界的地狱门，来到阿格龙河边。

圣斗士们先后突破冥府的八个狱、三个谷、十个壕、四个圈，最后抵达朱狄加。传说中的白银圣斗士天琴座奥路菲牺牲了生命。瞬被哈迪斯的灵魂占据了身体。

沙织和沙加来到了哈迪斯面前，沙加正要向哈迪斯出击，却被沙织制止，因为哈迪斯这时正寄生在瞬的躯体里。沙织用自己的鲜血唤醒了瞬的小宇宙，使瞬把哈迪斯的灵魂从自己的躯体里赶走。离开瞬躯体的哈迪斯与沙织刚一交手，二人都双双消失。星矢、瞬和沙加在寻找沙织时，被一堵大墙阻隔。原来这是地狱与极乐净土的分界线，除了神谁都不能通过，因而被称作叹息的墙壁。星矢、沙加试图冲倒墙壁，但都没有成功。因为，只有阳光才能摧毁叹息的墙壁。而这在地狱的最深层是根本不可能的。正在无计可施的时候，童虎来到，他提出集中十二个黄金圣斗士的力量，共同发出最强的小宇宙，创造出太阳的光芒。死去的黄金圣斗士全部都复活了，十二个黄金圣斗士一齐聚集在冥王界，用他们的生命和灵魂燃烧起最强的小宇宙，并通过艾俄洛斯的箭射向叹息的墙壁，给黑暗的地狱投进了一些光明。于是，叹息的墙壁被打穿了一个圆洞，这就是走向极乐净土的通道。但是，这个通道只有神才能通过，普通人要么被反弹回去，要么被抛到遥远的异次元空间。为了阻止冥斗士乘机穿过通道，冰河和紫龙在通道内外与他们进行着殊死的战斗。星矢和瞬带着雅典娜的圣衣，凭借着沾上女神鲜血的圣衣保护，率先穿过通道。这时侯，一辉和潘多拉也来到通道的进口，潘多拉请求一辉替她报仇，并向一辉讲述了她的身世。

　 雅典娜来到极乐净土，被哈迪斯封在吸血的神罐中，生命垂危。哈迪斯创造太阳系的九星连珠，这将消灭地球上的所有生物，地球也将变成灰暗的死亡星球。在极乐净土，星矢等人先后得到了神圣衣，通过艰苦的战斗，打败了死神和睡神。在此期间，流浪的朱里安·索罗体内的海皇在短暂的苏醒中，把黄金圣衣从地狱送到极乐净土帮助圣斗士。留守圣域的魔铃在圣域附近找到了星矢的姐姐星华。

　　星矢和一辉袭击了沉睡在灵柩中的哈迪斯的本体。哈迪斯苏醒，准备杀死雅典娜。星矢为了保护雅典娜被哈迪斯刺死。雅典娜穿上了自己的神衣，打败了哈迪斯。

　　极乐净土崩溃，阳光再次照在大地上。